ある夏の日、ごくごくフツーの小学5年生「天野ケータ」が出会った、 白い奇妙な生き物、それはなんと、ウィスパーという名の妖怪だった！ ウィスパーから、妖怪を見ることができる腕時計「妖怪ウォッチ」を 受け取ると、その日からケータの日常は大きく変わることに・・・ 実は街のいたるところには、いろいろな妖怪たちが！ しかも、朝起きることができないのも、急におなかが減るのも、 突然ものすごい大きなオナラが出るのも、世の中で起きるよくある トラブルは、すべて妖怪の仕業！？ そんな、妖怪たちが引き起こすトラブルには、ウォッチから トモダチ妖怪を呼び出して解決だ！ ウィスパー、ジバニャン、コマさんなど、いろいろな妖怪たちと繰り広げる 面白くて、ちょっぴり奇妙な物語。 さあ行こう♪新たな妖怪の世界へ！！

これが妖怪ウォッチ！？ぶっ飛び妖怪冒険活劇、ここに誕生！ 超エリート校・Y学園には 、多くの謎が存在する…。 その謎に立ち向かうのが「YSPクラブ」。 彼らはなんと「妖怪HERO」へと変身することができるのだ！ そんな彼らに妖怪史上最大の謎解明ミッションが下される！！ 絶大な力を持つ生徒会、冷酷な風紀委員、更にはエイリアンの襲撃！？ ジンペイたち「YSPクラブ」を待ち受けているのは、輝かしい未来か、それとも…？ アッと驚くギャグ満載！ホロリと泣ける感動展開！ まだ見ぬ新体験が、キミを待っている！ Y学園…いや、この世界最大の謎を解明せよ！！

「妖怪ウォッチ」+「！」=何が起きるかわからない！？ あのケータと妖怪たちが帰ってきた！ フツーの小学5年生『天野景太（ケータ）』と 妖怪の『ウィスパー』や『ジバニャン』たちが繰り広げる、 ドタバタ楽しくて、ちょっぴり奇妙な物語が、新要素満載で帰ってきた！ 新たな妖怪不祥事案件！　新たなともだち妖怪！　新たなコーナー目白押し！ 『妖怪アーク』に『ワンチャンサイド』！？いろんな「！」から目が離せない！ 「妖怪ウォッチ！」で今日も妖怪、新発見！！！！！

これは、ケータが活躍した世界から、30年後の物語― ケータの息子・ケースケは、幽霊やUFO、ましてや妖怪の類は信じないタイプ。 しかし、ひょんなことから姉のナツメ、トウマ、アキノリが結成した「妖怪探偵団」と共に、世にも不思議な怪奇事件へ巻き込まれることに… 街の至る所で起きる不可思議現象は、今も昔も妖怪の仕業だった！？ 新たに“シャドウサイド”と“ライトサイド”の姿を手に入れた妖怪たちが、 妖怪探偵団の前に立ちふさがる！ そして、忍び寄る怪しい影の正体とは… 妖怪ウォッチ新章、ここに開幕！